Il parco protegge cinque tipi distinti di habitat. Le barriere basse di Chole Bay — un'ampia laguna naturale formata dall'arco dell'isola di Chole e dai margini di mangrovia dell'isola principale — offrono uno snorkeling adatto ai principianti sopra coralli cerebro, gorgonie e formazioni a corno di cervo che ospitano murene, pesci scorpione e banchi di pesci chirurgo così fitti da muoversi nell'acqua come un unico organismo. I siti di caduta al largo della baia, raggiungibili in trenta minuti in barca, presentano pareti di corallo duro che scendono a profondità oltre il limite delle immersioni sportive, con avvistamenti regolari di tartarughe verdi ed embricate, squali leopardo e occasionali banchi di squali martello nelle acque blu oltre il bordo della barriera. I canali profondi tra le isole concentrano la megafauna filtratrice: manta che attraversano i passaggi seguendo i loro circuiti di plancton, squali balena che risalgono dalla profondità per nutrirsi in superficie durante la finestra ottimale da ottobre a marzo, quando le fioriture di plancton e la convergenza di correnti calde creano le condizioni ideali.
La dimensione degli squali balena non è un elemento secondario. Mafia è una delle destinazioni più affidabili dell'Africa orientale per gli squali balena, e gli incontri qui sono qualitativamente diversi da molti siti comparabili: gli animali si radunano nelle acque relativamente basse del Canale settentrionale di Mafia in aggregazioni di cinque-venti esemplari durante i mesi di picco, e gli incontri — condotti in snorkeling piuttosto che in immersione, per minimizzare il disturbo — avvengono in acque abbastanza limpide da osservare l'intera lunghezza di un animale di dodici metri da una distanza di due metri. Le guide, formate secondo le linee guida del parco marino, gestiscono l'avvicinamento con grande cura, e il rapporto tra animali e nuotatori a Mafia è costantemente più favorevole rispetto a siti più affollati altrove in Africa orientale.
Al di là dell'acqua, Mafia offre un tipo di esperienza insulare diversa rispetto alla sua celebre vicina settentrionale. La città principale, Kilindoni, è un insediamento costiero operativo e non un'enclave turistica, e i villaggi di pescatori attorno ai confini del parco marino mantengono un rapporto con l'oceano che non è sostanzialmente cambiato da quando l'isola fungeva da avamposto commerciale per i dhow tra l'entroterra africano e la penisola arabica, nel IX secolo. I subacquei in cerca di un ambiente sottomarino più impegnativo possono estendere il viaggio includendo Pemba Island — protagonista del 7-Day Pemba and Mafia Island Dive Safari. Una mattinata in un villaggio di pescatori — osservando le piroghe a bilanciere sistemate e riparate sulla sabbia, le sardine dagaa stese ad asciugare su rastrelliere sopra il livello dell'alta marea, i meccanismi di un'economia di sussistenza così direttamente legata alla produttività dell'oceano che lo stato della barriera corallina coincide di fatto con lo stato dell'approvvigionamento alimentare della comunità — offre un contesto alla missione di conservazione del parco marino che nessuna quantità di pannelli informativi potrebbe restituire.
Questo itinerario di cinque giorni è costruito attorno alla stagione degli squali balena, ma progettato per offrire un'esperienza completa di Mafia attraverso tutti e cinque i tipi di habitat. Il Giorno 1 stabilisce il ritmo: volo da Dar, orientamento nella baia, snorkeling sulle barriere basse nel tardo pomeriggio. Il Giorno 2 è l'esperienza clou: nuotata con gli squali balena nel canale aperto, seguita da un riposo che non è davvero tale, perché il giardino di corallo proprio di fronte al vostro lodge continua a offrire nuove osservazioni a ogni ora che vi trascorrete. Il Giorno 3 approfondisce l'ecologia più profonda del parco marino — le pareti coralline di Chole Bay, le popolazioni residenti di tartarughe, i branchi di delfini che seguono la corrente attraverso la baia quasi ogni mattina. Il Giorno 4 porta il contesto umano: una mattinata tra la comunità di pescatori, un pomeriggio su un tradizionale dhow alla deriva tra i banchi di sabbia. Il Giorno 5 vi riporta a Dar con la particolare soddisfazione di essere stati in un luogo autentico.