Le parc protège cinq types d'habitats distincts. Les récifs peu profonds de Chole Bay — un vaste lagon naturel formé par l'arc de Chole Island et les marges de mangrove de l'île principale — offrent un snorkeling accessible aux débutants au-dessus de coraux-cerveau, de gorgones et de formations en bois de cerf qui abritent murènes, poissons-lions et bancs de poissons-chirurgiens si denses qu'ils se déplacent dans l'eau comme un seul organisme. Les sites de tombant en dehors de la baie, accessibles en trente minutes en bateau, présentent des parois de corail dur plongeant à des profondeurs au-delà de la portée de la plongée sportive, avec des observations régulières de tortues vertes et imbriquées, de requins-léopards et, à l'occasion, de bancs de requins-marteaux dans l'eau bleue au-delà du bord du récif. Les chenaux profonds entre les îles concentrent la mégafaune filtreuse : des raies mantas traversant les passes sur leurs circuits de plancton, des requins-baleines remontant des profondeurs pour se nourrir en surface pendant la fenêtre optimale d'octobre à mars, lorsque les efflorescences de plancton et la convergence des courants chauds créent des conditions idéales.
La dimension requin-baleine n'est pas anecdotique. Mafia est l'une des destinations les plus fiables d'Afrique de l'Est pour les requins-baleines, et les rencontres y sont qualitativement différentes de celles de nombreux sites comparables : les animaux se rassemblent dans les eaux relativement peu profondes du chenal nord de Mafia, en groupes de cinq à vingt individus durant les mois de pointe, et les rencontres — organisées en snorkeling plutôt qu'en plongée, afin de minimiser le dérangement — se déroulent dans une eau suffisamment claire pour observer la pleine longueur d'un animal de douze mètres à deux mètres de distance. Des guides formés aux directives du parc marin gèrent l'approche avec soin, et le ratio animaux/nageurs à Mafia est systématiquement plus favorable que sur des sites plus fréquentés ailleurs en Afrique de l'Est.
Au-delà de l'eau, Mafia offre un type d'expérience insulaire différent de celui de sa célèbre voisine du nord. La ville principale de Kilindoni est une véritable localité côtière active plutôt qu'une enclave touristique, et les villages de pêcheurs autour des limites du parc marin de l'île entretiennent avec l'océan une relation qui n'a guère changé depuis que l'île servait de comptoir commercial en dhow entre l'intérieur africain et la péninsule arabique au IXe siècle. Les plongeurs en quête d'un environnement sous-marin plus exigeant peuvent prolonger leur voyage en y ajoutant Pemba Island — l'objet du 7-Day Pemba and Mafia Island Dive Safari. Une matinée dans un village de pêcheurs — à regarder les pirogues à balancier triées et réparées sur le sable, les sardines dagaa mises à sécher sur des claies au-dessus de la ligne de marée haute, les rouages d'une économie de subsistance si directement liée à la productivité de l'océan que l'état du récif équivaut en pratique à l'état de l'approvisionnement alimentaire de la communauté — offre au projet de conservation du parc marin un contexte qu'aucune signalétique interprétative ne pourrait égaler.
Cet itinéraire de cinq jours est construit autour de la saison des requins-baleines, mais conçu pour offrir une expérience complète de Mafia à travers les cinq types d'habitats. Le jour 1 installe le rythme : vol depuis Dar, orientation dans la baie, snorkeling sur les récifs peu profonds en fin d'après-midi. Le jour 2 est le temps fort : nage avec les requins-baleines dans le chenal ouvert, suivie d'un repos qui n'en est pas vraiment un, car le jardin de corail juste devant votre lodge continue d'offrir de nouvelles observations à chaque heure que vous y passez. Le jour 3 explore l'écologie plus profonde du parc marin — les tombants coralliens de Chole Bay, les populations résidentes de tortues, les bancs de dauphins qui suivent le courant à travers la baie la plupart des matins. Le jour 4 apporte le contexte humain : une matinée au sein de la communauté de pêcheurs, un après-midi sur un dhow traditionnel dérivant entre les bancs de sable. Le jour 5 vous ramène à Dar avec la satisfaction particulière d'avoir été quelque part de réel.